Выявление герпесвирусов с помощью олигонуклеотидного биочипа Medline.ru - медико-биологический информационный портал Медлайн.ру

Выявление герпесвирусов с помощью олигонуклеотидного биочипа

Клотченко С.А.1,2, Теперева К.С.1, Бурылев В.В.2, Плотникова М.А.1, Смирнова Т.Д.1, Егоров В.В.1, Чеботкевич В.Н.2, Васин А.В.1

1- ФГБУ «Научно-исследовательский институт гриппа» Министерства здравоохранения и социального развития РФ, 197376, г. Санкт-Петербург, ул. Проф. Попова, д. 15/17, (812)346-10-80, vasin@influenza.spb.ru
2- ФГУ «Российский научно-исследовательский институт гематологии и трансфузиологии» ФМБА РФ, 193024, г. Санкт-Петербург, 2-я Советская улица, д. 16, (812)717-29-58, vitnikcheb@mail.ru

Резюме
Вирусы группы герпеса вызывают тяжелые, часто жизненно опасные инфекции у иммунокомпрометированных больных. Они требуют быстрой диагностики и безотлагательного этиотропного лечения. Так как клиническая диагностика герпесвирусных инфекций (ГВИ) трудна, а часто и невозможна, используются различные лабораторные методы, в основном полимеразная цепная реакция. В работе предложен новый метод диагностики герпесвирусов человека (ВГЧ) с применением технологии олигонуклеотидных биочипов. Разработанный биочип позволяет проводить одновременную детекцию восьми ВГЧ: вирусов простого герпеса 1 и 2-го типов (ВПГ-1 и 2), вируса опоясывающего лишая (ВЗВ), вируса Эпштейна — Барр (ВЭБ), цитомегаловируса (ЦМВ) и герпесвирусов 6, 7 и 8 типов (ВГЧ-6, 7 и 8). Созданный лабораторный образец биочипа специфично выявляет как контрольные образцы ДНК герпесвирусов, накопленных на культивируемых клетках человека, так и клинические образцы ДНК пациентов с ГВИ.

Ключевые слова
герпесвирусы, олигонуклеотидный биочип, ПЦР, молекулярная диагностика.

(статья в формате PDF. Для просмотра необходим Adobe Acrobat Reader)

открыть статью в

новом окне

Список литературы

1. Львов Д. К. и др. Медицинская вирусология. Руководство // М.: ООО «Медицинское информационное агентство». – 2008. - 656 с.

2. Букринская А. Г. Вирусология // М.: «Медицина». – 1986. - 336 с.

3. Исаков В. А. Герпеcвирусные инфекции человека: Руководство для врачей // СПб: «СпецЛит». – 2006. - 303 с.

4. Мирзабеков А. Д. Биочипы в биологии и медицине XXI века // Вестник РАН. – 2003. – т. 73, № 5. – С. 412—422.

5. Wernersson R., Nielse H. B. OligoWiz 2.0 – integrating sequence feature annotation into design of microarray probes // Nucleic Acids Res. – 2005. – v.33. – P.611–615.

6. Rozen S., Skaletsky H. J. Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers // Methods Mol. Biol. – 2000.- v. 132. – P.365–386.

7. McGinnis S., Madden T. L. BLAST: at the core of a powerful and diverse set of sequence analysis tools // Nucleic Acids Res. – 2004. v.32. – P.20–25.

8. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Молекулярное клонирование // М.: «Мир». – 1984. - 480 с.

9. Davison A. J., Eberle R., Hayward G. S. Family Herpesviridae. In Virus Taxonomy, VIIIth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses // London: Academic Press. – 2005. – P.193–212.

10. Киселев О. И. и др. Вопросы общей вирусологии: Учебное пособие // СПб: СПбГМА им. И. И. Мечникова. – 2007. - 374 с.

11. Benson D. A. , Karsch-Mizrachi I., Lipman D. J., Ostell J., Sayers E. W. GenBank // Nucleic Acids Res. – 2011. – v.39. – P.32–37.

12. Vasin A. V., Sandybaev N. T., Plotnikova M. A., Klotchenko S. A., Chervyakova O. V., Strochkov V. M., Taylakova E. T., Elpaeva E. A., Komissarov A. B., Egorov V. V., Koshemetov J. K., Kiselev O. I., Mamadaliev S. M. Multisegment one-step RT-PCR fluorescent labeling of influenza A virus genome for use in diagnostic microarray applications // Journal of Physics: Conference Series. – 2011. – v.291 (012006). – P.1–5.