Медико-биологический
информационный портал
для специалистов
 
БИОМЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ Medline.ru

СОДЕРЖАНИЕ ЖУРНАЛА:
Физико-химическая биология

Клиническая медицина

Профилактическая медицина

Медико-биологические науки


АРХИВ:

Фундаментальные исследования

Организация здравохраниения

История медицины и биологии



Последние публикации

Поиск публикаций

Articles

Архив :  2000 г.  2001 г.  2002 г. 
               2003 г.  2004 г.  2005 г. 
               2006 г.  2007 г.  2008 г. 
               2009 г.  2010 г.  2011 г. 
               2012 г.  2013 г.  2014 г. 
               2015 г.  2016 г.  2017 г. 

Редакционная информация:
        Опубликовать статью
        Наша статистика


 РЕДАКЦИЯ:
Главный редактор

Заместители главного редактора

Члены редколлегии
Специализированные редколлегии


 УЧРЕДИТЕЛИ:
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки
"Институт токсикологии Федерального медико-биологического агентства"
(ФГБУН ИТ ФМБА России)

Институт теоретической и экспериментальной биофизики Российской академии наук.

ООО "ИЦ КОМКОН".




Адрес редакции и реквизиты

199406, Санкт-Петербург, ул.Гаванская, д. 49, корп.2

ISSN 1999-6314

Российская поисковая система
Искать: 


«
ТОМ 14, СТ. 34 (стр. 400-410)   |   3 мая 2013 г.   
»

Фундаментальные исследования »

Достоверные вариабельные участки аминокислотных последовательностей β-цепей гемоглобинов приматов
Костецкий П.В.

ФГБУН Институт биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН



Резюме

Для выявления вариабельных позиций и участков в гомологичных аминокислотных последовательностях близкородственных таксонов сравнивали выровненные аминокислотные (АК) последовательности β-цепей гемоглобинов (Нbβ) представителей двух подотрядов приматов (12 высших обезьян Haplorrhini и 6 низших обезьян Strepsirrhini). При сравнении объединенной группы из 18 Нbβ-последовательностей длиной 147 позиций обнаружили 45 вариабельных позиций, тогда как при обычном парном сравнении число замен не более 32. В трех вариабельных участках 1-14, 51-59, 117-136 имеется 27 вариабельных позиций (11, 6 и 10, соответственно). На множестве искусственных АК-последовательностей, получаемых перестановкой столбцов массива Нbβ-последовательностей, показали, что вероятность случайного появления участка из 14 позиций, из которых 11 являются вариабельными, незначительна (р<0,01). Каждый из вариабельных участков 51-59 и 117-136 может считаться достоверным (р<0,02), только являясь «сателлитом» основного участка 1-14. В Нbβ-последовательностях подотрядов Strepsirrhin и Haplorrhini характеристики и положение вариабельных участков заметно различаются. При этом участок 117-136 имеет 10 вариабельных позиций в Нbβ-последовательностях подотряда Strepsirrhini и только 2 – подотряда Haplorrhini. Это дает возможность предсказать структуру таксонспецифичного пептида 113-124 CVLAHHFGKEFT инвариантного для Нbβ-молекул подотряда высших обезьян Haplorrhini.


Ключевые слова

профиль вариабельности, гемоглобин, вероятность, приматы.





(статья в формате PDF. Для просмотра необходим Adobe Acrobat Reader)



открыть статью в новом окне

Список литературы

1. Пинтус С.С. Коэволюция доменов ключевых белков апоптоза р53 и МDМ2 // Вестник ВОГиС - 2009. - № 1. – С. 128-136.


2. Порозов Ю.Б. Биоинформатика и средства компьютерного анализа и визуализации макромолекул // Саратовский научно-медицинский журнал – 2010 - № 2 – С. 273-276.


3. Lukashov V.V., Goudsmit J. Recent evolutionary history of HIV-1 subtype B // J. Mol. Evol. – 2003 – V. 56 – P. 645-647.


4. Marks D.S., Hopf T.A., Sander C.D. Protein structure prediction from sequence variation // Nat. Biotechnol. – 2012 – V.30. – P. 1072-80.


5. Olivera L., Paiva P.B., Paiva A.C.M., Vriend G. Identification of functionally conserved residues with the use of entropy-variability plots // Proteins – 2003. – Vol. 52. – P. 544-552.


6. Polzikov M., Zatsepina O., Magoulas C. Identification of an evolutionary conserved SURF-5 domain in a family of nucleolar proteins extending from human to yeast // Biochem. Biophys. Res. Communications – 2005. – Vol. 327. – P. 143-149.


7. Garsia-Boronat M., Diez-Rivero C., Reinherz E.L., Reche P.F. PVS: a web server for protein sequence variability analysis tuned to facilitate conserved epitope discovery // Nucleic Acids Research – 2008 –Vol. 35 – W35-W41.


8. Naylor G.J.P., Gerstein M. Measuring shifts in function and evolutionary opportunity using variability profiles: a case study of the globins // J. Mol. Evol. – 2000. – V. 51. – P. 223-233.


9. Strommer J. The plant ADH gene family // Plant J. – 2011. – Vol. 66, N 1. – P. 128-142.


10. Kostetsky P.V., Arkhipova S.F., Vladimirova R.R. Conservative and variable regions of snake phospholipases A2 sequences: prediction of the taxon-specific peptides structure // J. Protein Chem. – 1991. – Vol. 10, N 6. – P. 593-601.


11. Соболь И.М. Метод Монте-Карло // Москва, «Наука», 1978, С. 1-64.



Свидетельство о регистрации сетевого электронного научного издания N 077 от 29.11.2006
Журнал основан 16 ноября 2000г.
Выдано Министерством РФ по делам печати, телерадиовещания и средств массовых коммуникаций
(c) Перепечатка материалов сайта Medline.Ru возможна только с письменного разрешения редакции

Размещение рекламы

Rambler's Top100