Медико-биологический
информационный портал
для специалистов
 
БИОМЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ Medline.ru

СОДЕРЖАНИЕ ЖУРНАЛА:
Физико-химическая биология

Клиническая медицина

Профилактическая медицина

Медико-биологические науки


АРХИВ:

Фундаментальные исследования

Организация здравохраниения

История медицины и биологии



Последние публикации

Поиск публикаций

Articles

Архив :  2000 г.  2001 г.  2002 г. 
               2003 г.  2004 г.  2005 г. 
               2006 г.  2007 г.  2008 г. 
               2009 г.  2010 г.  2011 г. 
               2012 г.  2013 г.  2014 г. 
               2015 г.  2016 г.  2017 г. 

Редакционная информация:
        Опубликовать статью
        Наша статистика


 РЕДАКЦИЯ:
Главный редактор

Заместители главного редактора

Члены редколлегии
Специализированные редколлегии


 УЧРЕДИТЕЛИ:
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки
"Институт токсикологии Федерального медико-биологического агентства"
(ФГБУН ИТ ФМБА России)

Институт теоретической и экспериментальной биофизики Российской академии наук.

ООО "ИЦ КОМКОН".




Адрес редакции и реквизиты

199406, Санкт-Петербург, ул.Гаванская, д. 49, корп.2

ISSN 1999-6314

Российская поисковая система
Искать: 


«
ТОМ 15, СТ. 34 (стр. 404-412)   |   13 мая 2014 г.   
»

Фундаментальные исследования » Биофизика

Вариабельные позиции и участки аминокислотных последовательностей β-цепей гемоглобинов млекопитающих отряда хищников
Костецкий П.В.

ФГБУН Институт биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН,



Резюме

Для выявления вариабельных позиций и участков в гомологичных аминокислотных (АК) последовательностях сравнивали АК-последовательности β-цепей гемоглобинов (Нbβ) представителей отряда хищников Carnivora. При “групповом сравнении” Нbβ-последовательностей 16-ти представителей двух подотрядов хищников, включающих 10 представителей Caniformia (псовые) и 6 - Feliformia (кошачьи) обнаружили 35 вариабельных позиций, тогда как при обычном парном сравнении число замен не превышает 26. Среди 35 вариабельных позиций имеется два отдельных набора из 12 и 10 позиций для псовых и кошачьих Нbβ-последовательностей, соответственно, которые в основном отвечают за видовое разнообразие Нbβ-молекул в подотрядах. Большинство вариабельных позиций сосредоточено в 4 фрагментах, занимающих участки 1-17, 51-59, 74-85 и 121-131. В отдельных «групповых сравнениях» Нbβ-последовательностей каждого из подотрядов характеристики и положение вариабельных участков различаются. Участок 51-59 наиболее вариабелен для подотряда Caniformia, тогда как участки 78-85 и 121-131 вариабельны только для подотряда Feliformia. При этом оказывается возможным предсказать структуру таксонспецифичного октапептида 78-85 NLDNLKGT инвариантного только для Нbβ-молекул подотряда псовых Caniformia. На множестве гомологичных АК-последовательностей, получаемых компьютерной перестановкой столбцов двумерного массива из 10 Нbβ-последовательностей подотряда хищников Caniformia, показали, что достоверность неслучайного наличия участка из 17 позиций с 11 вариабельными позициями выше 95%. Достоверность наличия тандема с участием второго участка из 9 позиций с 6 вариабельными позициями тоже высока (р>99%). Уровни достоверности вариабельных участков Нbβ-последовательностей отряда Carnivora (р~93%) и подотряда Caniformia (р>99%) свидетельствуют о высокой линейной неравномерности АК-замен в Нbβ-молекулах.


Ключевые слова

профиль изменчивости, гомологичные последовательности, таксонспецифический пептид, видовое разнообразие, Монте-Карло





(статья в формате PDF. Для просмотра необходим Adobe Acrobat Reader)



открыть статью в новом окне

Список литературы

1. Гомологи гена AlkB термофильных бактерий рода Geobacillus / Турова Т.П., Назина Т.Н., Михайлова Т.А., Родионова Т.А., Екимов А.Н., Машукова А.В., Полтораус А.Б. // Молекулярная биология – 2008. – V.42. - № 2. – С. 247-257.


2. Кожокина О., Ковалева Т. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей глюкоамилаз рода Aspergillus // Фундаментальные исследования – 2009.- № 8.- С. 19-21.


3. Порозов Ю.Б. Биоинформатика и средства компьютерного анализа и визуализации макромолекул // Саратовский научно-медицинский журнал – 2010. - № 2. – С. 273-276.


4. Lukashov V.V., Goudsmit J. Recent evolutionary history of HIV-1 subtype B // J. Mol. Evol. – 2003 – V. 56 – P. 645-647.


5. Identification of functionally conserved residues with the use of entropy-variability plots / Olivera L., Paiva P.B., Paiva A.C.M., Vriend G. // Proteins – 2003. – V. 52. – P. 544 -552.


6. PVS: a web server for protein sequence variability analysis tuned to facilitate conserved epitope discovery / Garsia-Boronat M., Diez-Rivero C., Reinherz E.L., Reche P.F. // Nucleic Acids Research – 2008 –V. 35 – W35-W41.


7. Naylor G.J.P., Gerstein M. Measuring shifts in function and evolutionary opportunity using variability profiles: a case study of the globins // J. Mol. Evol. – 2000. – V. 51. – P. 223-233.


8. Strommer J. The plant ADH gene family // Plant J. – 2011. – Vol. 66, N 1. – P. 128-142.


9. Kostetsky P., Arkhipova S., Vladimirova R. Conservative and variable regions of snake phospholipases A2 sequences: prediction of the taxonspecific peptides structure // J. Protein Chem. – 1991. – Vol. 10, N 6. – P. 593-601.


10. Dickerson R.E., Irving G. Hemoglobin, Structure, Function, Evolution, and Pathology // Benjamin Cummings series in the life sciences. Frontiers in Physics, 1983, P. 1-176.


11. Кантор Ч., Шиммел П. Биофизическая химия в 3 т. // М., «Мир», 1984, Том 1, С. 1-336.


12. Соболь И.М. Метод Монте-Карло // М., «Наука», 1978, С. 1-64.


13. Marks D.S., Hopf T.A., Sander C.D. Protein structure prediction from sequence variation // Nat. Biotechnol. – 2012 – V.30. – P. 1072-80.



Свидетельство о регистрации сетевого электронного научного издания N 077 от 29.11.2006
Журнал основан 16 ноября 2000г.
Выдано Министерством РФ по делам печати, телерадиовещания и средств массовых коммуникаций
(c) Перепечатка материалов сайта Medline.Ru возможна только с письменного разрешения редакции

Размещение рекламы

Rambler's Top100